「添付ファイルを保存する際に、ファイル名が文字化けしたような名前になる」または「拡張子に“＿”（アンダーバー）が付く」原因は、 以下の点が考えられます。
・ファイル名に問題がある場合
・使用しているブラウザに問題がある場合

避けた方がよいと考えられるファイル名
・半角カナを含むもの
・長いファイル名・スペースを含むもの
・日本語名を使用したもの
・URL に使われる記号('&' , '?' ,' +' , '='）を含むもの
・'#','*' , '(' , ')' , を含むもの

使用しているブラウザに問題がある場合
InternetExplorer5.0 では、URL やファイル名に日本語が使用されてると表示出来ない場合があるようです。詳細は、Microsoft社ホームページをご覧ください。
マイクロソフト社技術情報ページ
http://www.microsoft.com/japan/support/kb/articles/J047/3/01.asp

"Share360 ver 2"は、Web型グループウェアであるため、クライアント側
からファイルをクリックした時などの動作は、ブラウザの機能・OS の機能を
利用しております。 このため、お問い合わせいただいたような現象は、
"Share360 ver 2"側に起因する問題ではなく、ブラウザ・OS 側に起因する
問題と認識しております。
。。

原因としては、問題が発生するクライアントマシンOS で、扱うファイルの種類を設定するファイルタイプの設定が正しくないか、あるいはブラウザの問題が考えられます。

対処方法
問題のクライアントマシンで、ブラウザ内で PDFファイルを開く設定になって
いるか、確認してください。
InternetExplorer4.X 以上では、 添付ファイルをクリックした時に、ファイル
タイプの設定によっては、同じブラウザ画面内にファイルを開く仕様のようです。
問題のクライアントマシンにて、設定されている「ファイルタイプ」項目を
ご確認ください。

"Share360 ver 2"は、ブラウザからサーバーにアクセスする Web型グループウェアです。クライアント側から、添付ファイルをクリックした時などの動作は、ブラウザの機能・OS の機能を利用しています。この機能を"Share360 ver 2"側で制御することは、できません。

ファイルタイプに関するMicrosoft社のページ：
[IE4] Office ドキュメントが Internet Explorerで開かれる
http://www.microsoft.com/JAPAN/support/kb/articles/JP162/0/59.asp

PDFファイルを開く Acrobat Reader に関しては、InternetExplorerでは、以下のような現象が発生していたとMicrosoft社ページに記載されています。
・[IE4]PDF ファイルが空白のウィンドウまたはフレームとして表示される
http://www.microsoft.com/JAPAN/support/kb/articles/JP177/3/21.asp

[IE55]PDF を IntenretExplorer 内で開くと余分なパケットが送信される
http://www.microsoft.com/japan/support/kb/articles/J056/3/53.asp

他にも、InternetExplorer のキャッシュにある PDFファイルのコピーが古かったり、不良なものだったりすると、開けない現象が発生する可能性があるようです。次の手順でキャッシュを消去して、問題を解決できるか、ご確認ください。

[InternetExplorer 5.X/6.Xの場合]
1.[ツール − インターネットオプション] を選択し、[全般] タブを開く。
2.インターネット一時ファイルの[ファイルの削除] をクリックする。
3.次に[設定] をクリックする。
4.[ページを表示毎に確認する]を選択し、[OK] をクリックして、ダイアログ
　ボックスをすべて閉じる。
5.[更新] ボタンをクリックして PDF ファイルを再表示する。

上記の詳細や、それ以外の可能性につきましては Microsoft社様、もしくは
Adobe社様にご確認ください。
...

この現象は、以下の場合に発生することが確認されています。
１．Webサーバーの拡張機能を利用している。
２．クライアントマシンに MicrosoftOffice2000 がインストールされている。
３．InternetExplorer を使用している。
４．ブラウザ画面内で MicrosoftOffice 文書を開く設定になっている。

現在のところ、弊社が把握している対処方法は、以下の通りです。

1. Webサーバーの拡張機能を利用している場合
「FrontPage Server Extention」もしくは同等の機能を Webサーバーに
インストールしない。

Microsoft社様のホームページにて、「FrontPage Server Extention」機能を停止する方法が記載されています。　　http://www.microsoft.com/japan/support/kb/articles/J051/4/41.asp2

クライアントマシンに MicrosoftOffice2000 がインストールされている
→「Microsoft Office 2000 Service Pack 2」の適用を行います。
・Microsoft Office 2000 Service Pack 2 については、こちらの 　　
Microsoft社様のページをご覧ください。
http://office.microsoft.com/japan/downloads/2000/SP2upd.aspx

Service Pack 2 を適用するには、先にService Release 1を適用 する必要があります。

2. InternetExplorer を使用している
この現象は、InternetExplorer でのみ発生します。可能であれば、NetscapeNavigatorの利用を検討ください。
NetscapeNavigator につきましては、Netscape社ページをご覧ください。
Netscape社　
http://netscape.co.jp/

3. ブラウザ画面内で MicrosoftOffice文書を開く設定になっている
ファイルタイプの設定により、ダウンロードする設定にしてください。または添付ファイル名を右クリックし、対象をファイルに保存でローカルに保存して開いてください。 ファイルタイプの変更は、Microsoft社ページをご確認の上、設定を変更ください。

【補足】"Share360 ver 2"は、Web型グループウェアです。
クライアント側からファイルをクリックした時などの動作は、ブラウザの機能・OS の機能を利用しています。ブラウザやOS の設定によっては、ブラウザ画面内で Excelファイルが開くため、"Share360 ver 2"画面にて現象が発生しているように見えますが、制御自体は、IIS・ブラウザ・OS 側で行っています。この動作を "Share360 ver 2"側で制御することはできません。

添付ファイルの種類に制限はありません。どのような種類のファイルでも、添付可能です。ただし、添付ファイルを閲覧するクライアントマシンには、そのファイルを開くことができるアプリケーションソフトがインストールされている必要があります。